Noggin связывается с лигандами костного морфогенетического белка (BMP) семейства трансформирующих факторов роста-бета (TGF-β) и является для них антагонистом. Noggin поддерживает недифференцированные человеческие эмбриональные стволовые клетки In vitro, и и может быть использован для предотвращения спонтанной дифференциации (Chaturvedi et al.). Noggin необходим для развития структур, получаемых из эктодермы эмбриона, структурообразования скелета и нейрогенеза In vivo. Кроме того, noggin оказывает влияние на хондрогенез, остеогенез и формирование суставов (Krause et al.), а также опосредует дофаминергическую дифференциацию эмбриональных стволовых клеток и последующее выживание дофаминовых нейронов.