Noggin связывается с лигандами костного морфогенетического белка (BMP) семейства трансформирующих факторов роста-бета (TGF-β) и является для них антагонистом. Noggin поддерживает недифференцированные культуру человеческих эмбриональных стволовых клеток в среде мышиных эмбриональных фибробластов (MEF) (Chaturvedi et al.), а также опосредует дофаминергическую дифференциацию эмбриональных стволовых клеток и последующее выживание дофаминовых нейронов (Chiba et al.). Noggin необходим для развития эктодермальных структур, включая нервную трубку, зубы, волосяные фолликулы и глаза, а также для мезодермальных сомитов и структурообразования скелета. Кроме того, noggin оказывает влияние на хондрогенез, остеогенез и формирование суставов (Krause et al.).